Nước biển Baltic chảy ra qua eo biển Đan Mạch; tuy nhiên dòng chảy này phức tạp. Lớp nước lợ trên mặt chảy vào biển Bắc 940 km³ mỗi năm. Do khác nhau về độ mặn, nguyên tắc thẩm thấu độ mặn, lớp nước dưới lớp bề mặt mặn hơn lại chảy vào với dung tích 475 km³ mỗi năm. Nó hòa trộn một cách chậm chạp với nước bên trên tạo ra gradient độ mặn từ trên xuống dưới, với hầu hết nước mặn tồn tại ở độ sâu từ 40 đến 70 m. Về tổng thể, dòng hải lưu có chiều kim đồng hồ: chảy về phía bắc theo ranh giới phía đông, và về phía nam theo ranh giới phía tây.[3]

Sự khác biệt về dòng chảy ra và vào hoàn toàn do các nguồn cung cấp nước ngọt. Có hơn 25 sông suối chảy vào vùng biển này với tổng diện tích lưu vực khoảng 1,6 triệu km², cung cấp khoảng 660 km³ nước mỗi năm cho biển Baltic. Các sông ở Bắc âu gồm Oder, Vistula, Neman, Daugava và Neva. Ngoài ra còn các nguồn nước ngọt có nguồn gốc khí quyển khác nhau ít bị bốc hơi.

Nguồn cung cấp nước mặn quan trọng là dòng nước chảy vào từ Biển Bắc. Các dòng chảy này có vai trò quan trọng đối với hệ sinh thái biển Baltic do chúng vận chuyển ôxy đến các vùng biển sâu của Baltic, thường diễn ra trung bình cứ mỗi 4-5 năm kể từ thập niên 1980. Trong những thập niên gần đây, quá trình này diễn ra ít thường xuyên hơn. Ba lần gần đây nhất diễn ra vào các năm 1983, 1993 và 2003 và dự đoán một chu kỳ mới sẽ diễn ra cách nhau khoảng 10 năm.

Mực nước biển nhìn chung phụ thuộc nhiều vào điều kiện gió trong khu vực hơn là ảnh hưởng của thủy triều. Tuy nhiên, các dòng thủy triều xuất hiện tại các đoạn hẹp ở những phần phía tây của biển Baltic.

Chiều cao sóng thường thấp hơn nhiều so với sóng trong biển Bắc. Các cơn bão dữ dội và đột ngột, thường xuyên quét qua bề mặt, do sự khác biệt nhiệt độ lớn và thời gian gió tiếp cận lâu dài. Gió mùa cụng cây trên những thay đổi nhỏ về mực nước biển khoảng 0,5 m.[3]